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新药发现阶段高通量ADME钻研

2017-08-28
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在最近的十几年内 ,药物发现和开发的周期越来越长、成本越来越高。药物发现和开发的周期越来越长、成本越来越高。在西方国度 ,开发并上市一个新化合物实体必要10~15年功夫 ,破费超过8亿美元。每10000个新化合物实体中 ,约有10个能进入临床钻研阶段 ,但最终只有一个可能获批上市。即便已上市的药物 ,也可能因出现不成接受的不良反映而撤市。因而 ,新药研发是一个"高风险、低效能"的过程。创新药物的研发过程通常由3个阶段、4个步骤组成:

① 靶点的发现、确证与评价(药物发现阶段);

先导化合物的发现与优化(药物发现阶段);

③ ADMET(吸收、散布、代谢、渗出和毒性)、PK、PD钻研(临床前钻研阶段);

④ 临床试验(药物开发阶段)。

为了推动更多药物成功上市 ,通D芄徊扇×街执胧阂皇窃龀ど秆』衔锏氖 ,但这一方式受到经费、功夫、资源和研发规模等前提的限度;二是提高新药研发的成功率 ,例如选取合理的药物设政战术 ,以及在药物发现阶段提前发展ADMET钻研等。相比之下 ,提高研发成功率更受到研发机构和造药企业的器沉。

1990年的一项回首性钻研发现 ,临床阶段失败的候选药物中 ,约40%是由于药代动力学方面的问题所导致。造药行业逐步意识到 ,即便候选药物拥有优良的靶点活性和选择性 ,若是其ADME个性无法满足类药性要求 ,最终仍难以开发成为真正的药物。因而 ,钻研人员将正本处于药物发现后期的ADME钻研提前至药物发现早期阶段 ,以便尽早裁减不切合类药性要求的化合物 ,从而提高研发成功率。经过数十年的发展 ,2000年的统计了局显示 ,临床阶段失败药物中因PK问题导致裁减的比例已显著降落。

在药物发现阶段发展ADME钻研时 ,面对的重要问题蕴含:必要测试的化合物种类极为重大(这重要得益于组合化学和平行合成技术的发展)、所涉及的尝试项目繁多 ,而单个化合物可供测试的样品量却极度有限。因而 ,必要对现有测试步骤进行微量化、自动化和高通量刷新 ,使化合物测试速度可能与组合化学的合成速度相匹配。

ADME钻研

此表 ,在尝试流程设计方面 ,为了加快新药研发过程 ,钻研人员逐步选取平行(parallel)操作模式 ,将有关钻研同步发展。传统上多选取挨次(serial)钻研模式 ,即实现一项尝试后再发展下一项尝试 ,这种方式效能较低。未来的发展方向是将虚构化合物库筛选与平行操作相结合 ,利用成立的构效关系 ,在无需现实合成化合物的情况下 ,对虚构化合物库进行筛选 ,从而大幅节俭研发资源并加快药物发现速度。

在药物研发过程中 ,ADME钻研重要蕴含三类步骤:虚构步骤(in silico)或推算步骤(computational method)、体表步骤(in vitro)以及体内步骤(in vivo)。这三类步骤各有其优弊端。

利用高通量筛选技术能够急剧甄别先导化合物 ,但通过组合化学构建的化合物库 ,首先是存在结构多样性差的问题 ,这降低了化合物开发的成功率;其次是化合物的类药性差 ,使大量的化合物在ADME筛选期间被裁减 ,增长了尝试成本。从前的20年 ,固然药物发现阶段的新技术层出不穷 ,但每年上市的新化合物实体却没有内容性增长。另表 ,目前所成立的高通量测定步骤无数与所试验的化合物结构类别有关 ,并不拥有齐全的通用性。

一、虚构筛选步骤

只管目前已经开发出很多体内和体表微量化、轻便化及自动化的尝试步骤 ,并在分析功夫、劳动强度以及化合物处置数量等方面得到显著改善 ,但尝试步骤仍存在耗时长、成本高以及必要预先合成候选化合物等问题。虚构筛选步骤可作为一种代替战术 ,用于预测候选化合物的ADME特点 ,且拥有高通量或超高通量的优势。

(一)幼肠吸收预测

口服吸收与药物在胃肠路内容物中的溶化度、解离度以及逾越胃肠路细胞膜的能力亲昵有关。因而 ,化合物的理化性质是决定其幼肠通透性的沉要成分。提高药物口服吸收的预测步骤重要蕴含以下几种:

1. 基于Lipinski的五规定(role of five)步骤。

在化合物结构中 ,将N和O原子视为氢键受体 ,而将N—H、O—H基团视为氢键供体 ,并通过软件推算辛醇/水分配系数ClogP。若一个化合物满足以下两项以上前提:

● 氢键供体数>5

● 氢键受体数量>10

● ClogP>5

● 分子量(MW)>500Da

则该化合物会被象征为存在开发风险 ,其未来成药性可能存在问题。该步骤不合用于存在自动转运机造的口服药物吸收预测。

2. 基于Lipinski“五规定”结合亲脂性与分子大幼的步骤

该步骤同样基于Lipinski“五规定” ,并结合化合物的亲脂性及分子大幼信息 ,对化合物口服吸收过程中的被动扩散能力进行预测。通过将化合物的内涵亲脂性参数ClogD(思考生理pH前提下的解离情况)与反映分子大幼的参数——推算分子折射率(calculated molecular refraction ,CMR)进行作图分析 ,可将化合物划分为4个象限。

其中 ,第1和第3象限中的化合物拥有合适的亲脂性 ,可能较容易地进行跨膜转运;第2象限中的化合物分子较幼且亲水性较强 ,可通过细胞间隙吸收;而第4象限中的化合物由于分子量较大且亲水性较强 ,跨膜吸收较作难题。因而 ,可凭据化合物地点象限对其通透性进行预测。

3. 基于分子极性表表积(PSA)的步骤

选取分子极性表表积(polar surface area ,PSA)作为药物吸收的预测指标。钻研批注 ,PSA及分子量与通过Caco-2细胞模型获得的表观通透性参数之间拥有优良的有关性。

(二)血脑樊篱(BBB)通透能力预测

在新药发现阶段 ,对于作用于中枢神经系统的药物 ,通常要求其拥有肯定的血脑樊篱(BBB)透过能力;而对于作用于表周组织的药物 ,则要求其BBB透过能力尽可能低 ,以削减中枢神经系统不良反映。因而 ,必要对候选药物透过BBB的能力进行预测。

Van de Waterbeemd提出了一种BBB通透性预测步骤:当化合物的分子量(MW)< 450 Da、极性表表积(PSA)< 90 ??时 ,通常以为其拥有较好的BBB透过能力。但该步骤未思考P-gp表排转运体的影响。

(三)代谢不变性的预测

为了获得最佳生物利用度 ,药物不仅必要拥有优良的吸收个性 ,还必要具备适当的代谢不变性。目前钻研批注 ,化合物的脂溶性、分子大幼与状态 ,以及所含官能团的类型和地位 ,均会影响药物在体内的不变性。其底子原因在于化合物的结构是否可能进入P450酶的结合与催化位点。

据报路 ,目前虚构筛选步骤的预测正确率约为60%~90% ,且所选取的经验模型与化合物训练集亲昵有关。未来仍需选取更多结构多样化的化合物对模型进行验证 ,同时进一步说明体内ADME机造 ,并成立基于机造的预测模型。

二、体表步骤

在从前十多年中 ,体表步骤已被宽泛利用于药物通透性、生物利用度、代谢不变性、药物相互作用以及药物理化性质等方面的钻研与评价。体表步骤的利益重要体此刻以下两个方面:一方面 ,可通过微量化、自动化等技术伎俩成立高通量或中等通量筛选模型;另一方面 ,可利用起源于人体的组织、细胞或有关生物组分隔展钻研 ,从而削减人类与动物之间的种属差距 ,提高药物研发的成功率。

然而 ,体表钻研不足体内环境中的血流、生化因子及多种转运蛋白等复杂影响成分。此表 ,在化合物配造过程中使用的有机溶剂 ,可能覆盖药物在体内的真实溶化个性 ,并影响药物代谢酶的活性。

(一)幼肠吸收的评价模型

药物经口服给药后 ,需首先经过胃部的低pH环境 ,随后进入十二指肠和幼肠 ,在溶出开释后通过幼肠上皮细胞吸收入血循环。幼肠上皮细胞对药物的吸收重要蕴含4种方式:跨细胞转运、细胞间旁路转运、载体介导的摄取以及载体介导的表排。

目前已开发出多种用于评价药物口服吸收的体表模型 ,常见的蕴含Caco-2细胞模型、MDCK细胞模型以及PAMPA人为膜模型。其中 ,PAMPA模型重要用于评价药物通过被动扩散方式的吸收 ,属于高通量钻研步骤;而Caco-2细胞模型和MDCK细胞模型则属于相对低通量的步骤。

(二)代谢不变性钻研

药物进入体内后 ,作为表源性物质 ,会经历由药物代谢酶介导的生物转化过程。固然某些存在于幼肠上皮细胞中的P450同工酶(如CYP3A4)也可导致药物产生首过效应 ,但肝脏仍是体内最重要的代谢器官。

肝脏中存在多种药物代谢酶 ,蕴含Ⅰ相代谢酶 ,如P450酶以及非P450酶类(如酯酶、黄素依赖性单加氧酶和单胺氧化酶等);还蕴含Ⅱ相代谢酶 ,如葡萄糖醛酸转移酶和磺基转移酶等。其中 ,P450酶是体内最重要的药物代谢酶系。

在P450同工酶中 ,CYP1A2、CYP2A6、CYP2B6、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1及CYP3A4等均与药物代谢亲昵有关。其中 ,CYP3A4是P450酶系中含量最高、参加药物代谢比例最大的同工酶 ,参加代谢的药物约占总代谢药物数量的50%。

代谢不变性是药物的沉要性质之一。对于代谢不变性较差的药物 ,通常必要频仍给药 ,能力维持有效医治浓度。

由于药物代谢存在显著的种属差距 ,因而在药物研发阶段 ,选取起源于人体的组织或细胞进行钻研 ,其了局通常更靠近临床现实情况。在酶代谢不变性钻研中 ,常用的体表评价系统重要蕴含人肝微粒体和肝细胞。钻研批注 ,人肝微粒体中P450酶的组成及比例与肝组织较为靠近 ,且其易于保留 ,合用于高通量代谢不变性钻研;而肝细胞则含有齐全的代谢酶系统 ,无需额表增长辅助因子 ,但存在保留功夫较短、起源受限等问题。

(三)理化参数简直定

在药物发现阶段 ,候选化合物的理化参数(如溶化度、解离常数和亲脂性等)会影响药物的吸收、散布、代谢与渗出 ,因而有必要在药物发现早期对这些参数进行系统测定。目前 ,已经开发出多种高通量理化参数测定步骤。

1. 溶化度

经典的溶化度测定步骤为摇瓶法。由于测定过程中必要达到鼓和状态 ,因而尝试周期较长(最长可达7天) ,且样品亏损量较大 ,不合用于高通量钻研。随后 ,人们开发了多种高通量溶化度测定步骤 ,其中在药物发现阶段较常用的蕴含比浊法和紫表吸收(UV)测定法。这两种步骤每天可测定数百个化合物的溶化度。

2. 亲脂性

亲脂性是指化合物或其部门基团对脂相环境的亲和能力 ,通常以化合物在两相系统中的分配行为暗示 ,例如正辛醇/水分配系数。亲脂性可用于预测药物的膜通透性及代谢不变性。

通常而言 ,化合物的亲脂性越强(如logD > 5) ,其膜通透性通常越高 ,也越容易在体内被肝药酶代谢;而亲水性较强的化合物(如logD < 0) ,则较难透过细胞膜 ,并更容易经肾脏渗出。通常情况下 ,梦想药物的logD值多位于0~3之间 ,从而在溶化性与亲脂性之间达到较好的平衡。

常用的亲脂性测定步骤蕴含摇瓶法 ,其道理是将待测化合物溶化于缓冲液中 ,并参与一种与水不互溶的有机溶剂。待系统达到平衡后 ,分离两相 ,并测定化合物在水相和有机相中的浓度。在特定pH前提下测得的部门化离状态下的分配系数通常以logD暗示;若测定系统中的化合物不产生解离(如中性化合物) ,则所得了局以logP暗示。

高通量亲脂性测定步骤重要蕴含HPLC法 ,通过测定化合物在流动相与非极性固定相(如C18键合相)之间的分配行为 ,并以保留功夫反映其亲脂性;此表 ,还可选取基于96孔板的紫表吸收测定步骤。

3. 解离度

化合物的解离杜仔助于相识其在分歧pH前提下的解离状态。当pH = pKa时 ,化合物约有一半处于解离状态。由于胃肠路及体内分歧组织环境拥有分歧的pH值 ,因而会影响药物的解离状态 ,进而影响其溶化度、亲脂性、吸收个性以及与蛋白的结合能力。

传统的pKa测定步骤重要为电位滴定法 ,但该步骤通量较低、样品需要量较大 ,每天通常只能测定约10个化合物。另一种步骤为毛细管电泳法 ,其样品需要量较少 ,但通量同样较低 ,每天约可测定10个化合物。

目前 ,高通量测定步骤重要选取光谱梯度分析法(spectral gradient analysis ,SGA)。该步骤可结合96孔板进行分析 ,每天的检测通量可达到240个化合物。

为了评估药物之间潜在的相互作用风险 ,造药行业通常选取以下步骤发展有关尝试。

(四)药物相互作用钻研

由于药代动力学有关的药物相互作用 ,已有多种药物被撤市。此类相互作用重要涉及两种机造:酶抑造和酶诱导。

1. 代谢酶的鉴定

明确参加药物体内代谢的关键酶 ,有助于评估待测药物与酶抑造剂或诱导剂之间的相互作用风险。例如 ,若是某种药物重要经CYP3A4代谢 ,则其可能与CYP3A4抑造剂(如酮康唑、红霉素和伊曲康唑等)或诱导剂(如利福和善苯妥英等)产生药物相互作用。

在药物相互作用钻研中 ,可选取肝微粒体、沉组表白的代谢酶系统以及肝细胞等体表模型。利用沉组表白的代谢酶系统可鉴定参加药物代谢的具体酶种;通过将肝微粒体与特异性P450同工酶抑造剂结合使用 ,也可揣摩有关代谢酶;而利用人肝细胞与抑造剂结合钻研 ,则有助于确定药物的代谢蹊径 ,由于肝细胞不仅含有Ⅰ相代谢酶 ,还含有Ⅱ相代谢酶。

2. 候选化合物对关键药物代谢酶抑造作用的评价

若某化合物可能抑造药物代谢酶 ,则可能与该酶底物药物产生药物相互作用。钻研中通常选取肝微粒体结合特异性底物进行酶抑造尝试 ,并凭据测定得到的IC50或Ki值评估药物相互作用风险。

此表 ,也可利用沉组表白的代谢酶系统或肝细胞发展有关钻研。该类钻研通?裳∪「咄可秆》绞浇。

3. 酶诱导潜力评价

若某药物可能诱导肝细胞中过度表白某种代谢酶 ,则其可能与该代谢酶的底物药物产生相互作用。此类钻研通常必要选取活体原代肝细胞进行 ,尝试周期通常为2~4天 ,因而属于低通量钻研步骤。

另一种常用步骤是选取PXR-reporter细胞系进行钻研 ,以提高尝试通量。目前已知PXR(pregnane X receptor)是CYP3A4诱导剂的沉要受体。当药物与PXR结合后 ,可激活相连的reporter基因 ,从而提醒该药物可能为CYP3A4诱导剂。

此表 ,还需关注由药物转运蛋白介导的药物相互作用。同时 ,应对酶抑造机造进行分析 ,以分辨竞争性酶抑造和机造依赖性酶抑造。据报路 ,机造依赖性酶抑造更容易引发临床药物相互作用。此表 ,对于Ⅱ相代谢酶抑造作用的钻研也应予以器沉。

三、体内步骤

在药物发现阶段 ,动物体内钻研在给药剂量、采血功夫点以及尝试动物数量等方面 ,与药物开发阶段的体内钻研存在较大差距。在这一阶段 ,体内钻研的重要主张在于优化先导化合物 ,并结合体表钻研了局 ,为候选化合物的进一步开发提供凭据和建议。

体内钻研通常拥有通量低、耗时长、样品需要量大及钻研成本较高档特点 ,但由于其具备体表钻研所无法齐全仿照的血流动力学、生理生化因子及整体机体环境蹬装响成分 ,因而仍是新药研发过程中不成或缺的沉要环节。

为了提高体内钻研的通量 ,通常采取两种战术:一是提高样品分析速度 ,二是削减样品采集量。

(一)提高样品分析速度

在体内钻研中 ,通常必要测定大量生物样品 ,因而提高分析速度是提升钻研通量最常用的步骤之一。样品分析步骤重要蕴含HPLC和LC-MS/MS。由于待分析化合物的结构差距较大 ,因而所成立的步骤必要具备较高的活络度和专属性。

传统HPLC步骤由于步骤开发周期较长、样品前处置步骤复杂 ,难以满足高通量分析需要。相比之下 ,LC-MS/MS因拥有活络度高、专属性强以及样品处置轻便(生物样品通常仅需进行蛋白沉淀处置)蹬着点 ,在样品分析中的利用日益宽泛。但该步骤仍存在基质效应滋扰的问题。

另一种提高分析速度的步骤是选取在线(online)固相萃。╯olid phase extraction ,SPE)技术 ,实现样品处置自动化。但该步骤仍存在步骤开发较为繁琐、整体分析功夫较长等不及。

此表 ,还可选取湍流流动色谱(turbulent flow chromatography)技术提高分析通量。该技术可直接对血清、尿液等生物样品进行分析 ,而无需复杂前处置。其他提高分析速度的步骤还蕴含选取MUX?系统进行并行LC-MS/MS分析。通?赏笔褂4根色谱柱 ,并顺次将各色谱柱流出液导入MS/MS离子源中。与单根色谱柱的LC-MS/MS系统相比 ,该步骤的分析速度可提高近4倍。

在色谱柱选择方面 ,为缩短分析功夫 ,可选取填料粒径更幼的短色谱柱。选取此类色谱柱的液相色谱技术通常称为急剧分离液相色谱。例如 ,使用细粒径短柱(2.1 mm × 20 mm ,填料粒径为3 μm或更。⑼ㄓ眉本缣荻认赐亚疤幔ㄓ谢嘣2 min内由5%升至95% ,流动相中含0.035%~0.05%三氟乙酸、0.1%甲酸或10 mmol/L乙酸铵)以及高流速(1~5 mL/min)等前提时 ,可将单个样品的分析功夫缩短至约30 s。

(二)削减样品数量

在体内钻研中 ,可选取盒式给药(cassette dosing)的步骤削减样品数量:将几种药物合用 ,一次取样即可通过 LC-MS/MS 同时测定各药物的浓度。该步骤的重要争议在于可能存在药物相互作用。

另一种步骤是将数个含有分歧药物的样品混合后一起测定;此表 ,也可将给药后分歧功夫点的血样等量混合 ,以粗略估计药物在体内的 AUC。

必要强调的是 ,应成立与测定速度相匹配的数据处置系统 ,并利用相应软件将数据天生便于决策者阅读和分析的汇报。

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