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1. 化学结构
ASO是单链，siRNA是双链。
2. 作用机造
ASO通过以下方式阐扬作用：通过RNase H降解靶mRNA ；通过空间位阻滋扰mRNA职能 ；影响mRNA剪切 ；作用于miRNA。
siRNA重要通过RISC复合体降解mRNA。
3. 阐扬药效的细胞空间
RNase H在胞质和胞核中都有活性，因而ASO能够在胞质和胞核中阐扬作用。RISC复合体仅在胞质中存在，因而siRNA重要在胞质中阐扬作用。
4. 药效作用悠久性及是否可放大
RISC复合体能够反复作用于靶标mRNA，因而siRNA的药效更悠久。
siRNA被开释的正义链或被降解，也可作为引物，在RNA依赖的RNA聚合酶的催化下，以靶mRNA为模板扩增得到dsRNA。dsRNA又被Dicer酶降解成siRNA，进入RNA滋扰循环，从而实现药物成效的级联放大。
5. 安全性/毒性
ASO的毒性通常大于siRNA。ASO的肝、肾毒性比siRNA更严沉，且ASO还存在血幼板削减的风险（这与ASO的结构及作用机造有关）。
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