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若是依照结构来划分 ，核酸药物能够分为DNA药物和RNA药物。进一步细分就有反义寡核苷酸、幼滋扰RNA（siRNA）、幼RNA、短发卡RNA（shRNA）、 信使RNA（mRNA）、质粒DNA、适配体、核酶及脱氧核酶等。
质粒DNA目前在兽用疫苗中利用最为宽泛 ，而人用产品还重要停顿在临床试验阶段。
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