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在医治靶点筛选和结合用药的创新钻研中，流式细胞术有助于钻研者在药物开发早期评估分歧个别间的生物学差距，从而进一步说明药物有效性的作用机造。此表，该技术可能对肿瘤微环境、表周血及其他宿主组织中的免疫系统进行高通量、定量化分析，有助于更正确地预测免疫医治疗效，并推动免疫医治战术的持续优化与规；⒄。
流式细胞术险些可利用于药物发现的各个阶段——从靶点鉴定、先导化合物筛选到大分子药物、ADC 和疫苗开发。药物靶标涵盖了细胞内表多种生物分子结构，蕴含细胞膜蛋白、信号传导蛋白、结构蛋白，以及基因水平的 DNA 和 RNA 等。
在早期钻研中，通过高通量方式表征大型且多样化的细胞群体，有助于靶点筛选。利用荧光探针象征与疾病有关的细胞分子特点，能够急剧评估细胞的结构和职能状态，如蛋白表白丰度或膜齐全性。实现靶蛋白鉴定和先导化合物筛选后，钻研人员还可利用流式细胞术评估候选药物的功效与毒性。
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